مرحوم خوانساری در کتاب روضات الجنات می آورد:
در زمان فتحعلی شاه در سال 1238 باران زیادی بارید که بر اثر آن، سیل عظیمی آمد و تمام زمینهای کشاورزی و باغهای اطراف شهرری را آب فرا گرفت و بعضی از مناطق را تخریب نمود؛ اطراف مزار شیخ صدوق نیز فروریخت و شکافی ژرف در کنار آن پدید آمد؛ هنگامی که به اصلاح و مرمت این قسمت مشغول بودند، سردابی ظاهر شد که آب قسمتی از آن را تخریب کرده بود. در پی این حادثه، واقعه عجیبی نیز اتفاق افتاد،وقتی که برای بازرسی و جستجو به آنجا وارد شدند، جسدی را مشاهده کردند که تمام اعضای بدنش سالم و تازه به نظر میرسید و هیچگونه عیب و نقصی در آن دیده نمیشد، و با صورتی نیکو آرمیده بود! و علی اظفارها اثر الخضاب،هنوز اثر حنا بر ناخنهایش مشهود بود!
ناخنهای یک دست را گرفته و ناخن دست دیگر را نگرفته بود، ریشش روی سینهاش ریخته شده بود و بدن چنان سالم و تازه بود که چنین به نظر میآمد تازه از حمام بیرون آمدهاست و فقط رشتههای نخ پوسیده کفن که از هم گسسته شده بود در اطراف جسد بر روی خاک ریخته بود! این خبر به سرعت در شهر ری و تهران پیچید تا آنکه به گوش فتحعلی شاه قاجار رسید. وی دستور داد سرداب را نپوشانند تا او شخصاً جسد را ببیند؛ شاه به همراه گروهی از علما و افراد سرشناس و صاحب نفوذ، که در بین ایشان مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه، حکیم گرانمایه آن روزگار و مرحوم علامه سید محمود مرعشی نجفی (پدر آیتالله مرعشی نجفی) حضور داشتند، برای بررسی وضعیت در منطقه حضور پیدا کردند و وارد سرداب شدند و پس از سالم یافتن پیکر و تأیید اصل قضیه، برای شناسایی جسد، شروع به بررسی و جستجو نمودند. با جستجو و بررسیهای انجام شده در سرداب، متوجه لوح و سنگ قبری میشوند که بر روی آن چنین نوشته شدهاست: هذا المرقد العالم الکامل المحدث، ثقة المحدثین، صدوق الطایفه، أبو جعفر محمد بن علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی!
حقا که فقه و فقها زانو میزنند در برابر او که پیکر مطهرش بعد از حدود نهصد سال تازه و مطهر بوده است
روضات الجنات ج6ص140